[특별기고] 해외선교 세제 개정에 따른 한국교회의 과제

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2026년 2월 27일 상속세 및 증여세법 시행령 제12조 1항과 법인세법 시행령 제39조의 개정은 종교단체에 대한 공익법인 및 일반기부금 단체의 범위를 종전보다 크게 축소하였다. 이번 개정은 단순한 세법 개정에 그치는 것이 아니라 한국교회의 해외선교 방식과 재정 운영 전반에 상당한 영향을 미칠 수 있는 내용이므로 그 의미를 정확히 이해할 필요가 있고, 향후 이를 대응하기 위한 단기와 장기의 방안을 마련할 필요가 있다.

Ⅰ. 공익법인 범위 축소(상속세 및 증여세법 시행령 제12조 1호 개정)

(종전) □ 공익법인에 해당하는 종교사업 범위 ○ 종교의 보급 기타 교화에 기여하는 사업

(개정) □ 외국법인·비거주자의 종교사업 제외 ○ 비영리내국법인·거주자가 운영하는 종교의 보급 기타 교회에 기여하는 사업

상증령 제12조의 개정으로 종전의 종교단체가 “종교의 보급 기타 교화에 기여하는 사업”을 영위하기만 하면 종교단체가 국내에 있든, 해외에 있든 상관없이 공익법인으로서 존재를 인정받았으나 개정 이후에는 종교단체의 공익법인의 범위를 비영리내국법인과 거주자로 한정함으로 인해서 외국법인 혹은 비거주자에 대하여 공익법인의 범위에서 제외되었다.

그 결과 국내교회나 선교단체가 외국법인과 해외종교단체에 재산을 출연하는 경우에는 종전과 달리 상증세법 제48조의 과세가액불산입 적용이 어려워졌고, 증여세 부담 문제가 발생할 수 있게 되었다. 이러한 변화는 한국교회의 해외선교 재정 지원 방식에 중대한 영향을 미칠 것으로 예상된다. 이단의 해외 지출로 인하여 촉발된 해외 선교비의 규제를 잘 극복해야 할 것이다.

Ⅱ. 일반기부금의 공익법인 등의 범위에 국내 소재 종교단체만 포함(법인세법 시행령 제39조 1항 1호 마목 개정)

(종전) □ 외국 소재 소속 단체를 포함 ○ 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립된 비영리법인(그 소속 단체를 포함한다): 비영리법인의 외국 소재 소속 단체 포함

(개정) □ 국내 소재 소속 단체에 한정함 ○ 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립된 비영리법인 및 국내에 있는 그 소속 단체: 비영리법인의 국내 소재 소속 단체에 한정

법인령 제39조의 개정으로 종전의 일반기부금 단체의 범위에서 국내 비영리법인의 해외 소속 단체까지 포함될 여지가 있었으나, 개정 이후에는 국내에 있는 소속 단체만을 명시적으로 인정하도록 변경되었다.

이에 따라 내국법인과 개인이 해외교회나 해외 선교법인, 해외 선교단체에 직접 기부하는 경우에는 종전과 같은 기부금 세제 혜택을 받기가 어려워졌다. 만약 국내 종교단체가 내국법인과 개인으로부터 해외선교 목적의 특정 기부금을 수령하여 해외에 지급하는 경우에도 해당 내국법인과 개인의 기부금 영수증은 세제 혜택을 받기 어려울 수 있으므로 주의를 기울일 필요가 있다.

Ⅲ. 해외선교비 집행 시 고려할 사항

첫째, 선교사에게 직접 지급하는 정기적 사례비에 대하여는 향후 종교인 소득신고를 통하여 소득세로 처리하는 방안과 선교사의 최소한의 필요경비성 활동 경비는 선교활동비 규정을 정관에 기입하는 방식으로 비과세 처리 가능하도록 하는 절차와 방안을 마련하여 법적 타당성을 검토해야 한다.

둘째, 해외부동산과 재산구입 관련 지출, 해외 구제 활동을 위한 지출, 해외사회사업을 위한 지출 등에 대하여는 수령자의 법적 지위와 과세 관계를 고려하여 지급의 보류 및 필요한 경우 지급보류 사유와 향후 절차 등을 공식 문서로 안내하는 것을 고려해야 한다.

셋째, 해외 선교비를 지원하기 위해서는 국세청의 불안 요소인 사후관리 방안을 준비하여 자체적으로 제시할 수 있도록 준비해야 한다.

(배경) 공익법인의 상증법상의 사후관리 방식과 유사한 체계 유지